Dans plusieurs des épisodes de l'anime, la pierre philosophale désigné sous divers noms, adaptant le fait qu'elle a une variété d'aspects possibles: liquide une fois mis en bouteille, solide une fois exposé à l'air. Il y a un certain nombre de produits chimiques qui ont des propriétés impaires, qui ont fasciné des alchimistes. Le mercure était un des favoris. La pierre philosophale avait souvent des noms codés, aussi bien, pour protéger la recherche de l'auteur que pour protéger l'alchimiste contre les menaces de l'église.
Cependant, les alchimistes originaux n'avaient pas l'habitude des âmes humaines, des corps morts, des femmes enceintes pour créer la pierre. Ils étaient intéressés par les produits chimiques, et explorer les propriétés chimiques des substances. Il y a des textes alchimiques qui parlent d'ajouter des cheveux, des coupures d'ongle, la fourrure, des plumes, des os, et bien d'autres choses.
Mais quand l'alchimie est prise de son point de vue mystic et philosophique, alors l'addition d'une âme humaine devient la base principale de l'équation. Quand les alchimistes ont commencé à appliquer ce "jette-le dans le chaudron, brûle le mauvais, et trouve le résutat pure" alors oui, on pourrait indiquer qu'une âme humaine est devenue une partie de la pierre philosophale.